A padlásokon, templomtornyokban megtelepedő baglyok (legjellemzőbb a gyöngybagoly) és denevérek természetvédelmi oltalom alatt állnak. A szerkezet megbontása, felújítása, galambok miatt történő lezárása előtt meg kell győződni arról, hogy nem fészkel-e ott a fokozottan védett gyöngybagoly (március és augusztus között), illetve nem telepedtek-e meg denevérek (gerendázat átvizsgálása a nyári hónapokban). Ha ilyet tapasztalunk, célszerű felvenni a kapcsolatot a területileg illetékes nemzeti park igazgatóságával. Mint minden védett fajt érintő beavatkozás, ennek a munkának az engedélyezése is a területileg illetékes kormányhivatal környezet- és természetvédelmi főosztályának hatáskörébe tartozik. A védett fajokat érintő felújítás, lezárás engedélyköteles.
Amennyiben tojásos bagolyfészket találunk a padláson vagy a templomtoronyban, akkor a kelési időt és a fiókanevelést is beszámítva 6-8 hetet kell várni a munkákkal. Abban az esetben, ha fiókás fészket találunk, akkor ki kell várni a kirepülést, amely 3-5 hét alatt lezajlik. Április 15. és szeptember 1. között nem érintheti munkavégzés a denevérek által lakott épületeket, épületrészeket.
Szerencsére azonban lehetőségünk nyílik arra, hogy a galambok kizárása mellett a gyöngybaglyok és a denevérek számára biztosítsuk a szaporodásukhoz nélkülözhetetlen, zavartalan, sötét teret. Sajnos az épület teljes megnyitása ma már nem kerülhet a legtöbb helyen szóba, ezért más módszereket szükséges alkalmazni. Gyöngybaglyok számára telepíthetünk költőládát a templomtorony belső terébe olyan módon, hogy a láda berepülőnyílásánál az ablakrácson nyílást vágunk. A ládát úgy kell elhelyezni, hogy kívülről csak a láda belsejébe jusson a madár, és ne tudjon a torony belső terébe továbbrepülni. Templomok esetében szóba jöhet a toronytér-elválasztás is, amelynek a lényege, hogy a harangtér fölött a torony süvegterét deszkapadozattal el kell rekeszteni. A süvegtér bádog szerelőajtaján egy berepülőnyílást kell kialakítani.
Denevérek esetében egy 15×20 cm-es nyílást szükséges hagyni a toronyablakokon vagy egy átalakított tetőablakon úgy, hogy a galambok ne tudjanak az épületbe jutni. Olyan épületben, ahol denevérek élnek, célszerű a lemeztetőt előnyben részesíteni a cserép helyett a héjazat kialakításánál (kedvezőbb mikroklímát biztosít). A belső tetőszigetelést megfelelően kell burkolni. A denevéreknek kapaszkodókat, például tetőléceket szögelhetünk a gerendákra a belső térben.
Jó példa: A gyöngybagoly legnépesebb hazai állománya Baranya megyében él. A Baranya Természeti Értékeiért Alapítvány gyöngybagolyvédelmi programja keretében arra törekednek, hogy minden lezárt templomtoronyban kihelyezzenek költőládát a madaraknak, száznál is több költőládájukban költ sikeresen ez a faj. Tevékenységüknek köszönhetően ezekből a költőládákból már több ezer fióka repült ki. Ládákat nemcsak templomtornyokba, hanem kastélyok, magtárak, istállók padlásaira is kiraknak. Elsősorban azokat az épületek választják, ahol korábban már észlelték a baglyok jelenlétét.
